Nachází se v katastru obce Ostrov u Macochy. Soustavu tamních dómů a jeskyní popsal již Johannes Antonín Nagel roku 1748.
Roku 1792 malíř Josef Fischer namaloval známé vyobrazení Císařské jeskyně zachycující prostory s Nagelovým jezerem. Pro osvětlení podzemních prostor byla na jezero vypuštěna kachna s připoutaným prkénkem, na němž stála rozžatá svíce. (Zajíček, 2017)
Na přelomu 18. a 19. století byla jeskyně často osvětlovaná u příležitosti návštěv císařské rodiny.
Průzkumy zde prováděl starohrabě Hugo František Salm, který jeskyni nazval Eniodis na základě prvních písmen účastníků expedice. (Zajíček, 2017) Později byla přejmenována na Císařskou jeskyni na počest návštěv císaře Františka I.
Roku 1807 zde údajně objevil obrovskou prostoru s jezerem, jehož vody kladl do spojitosti s řekou Punkvou vyvěrající na dně Macochy. (Zajíček, 2021)