Moravský kras se vyvinul až v posledním eonu země – Fanerozoiku.
Fanerozoikum se dělí na:
- Paleozoikum (neformálně "prvohory")
- Mezozoikum (neformálně "druhohory")
- Kenozoikum (neformálně "třetihory" a "čtvrtohory" dohromady)
Názvy epoch prvohory, druhohory, třetihory a později čtvrtohory zavedl italský geolog Giovanni Arduino na základě výzkumu v Itálii. Později se zjistilo, že jeho rozdělení není aplikovatelné na zbytek světa, a tak se epochy přeměňovaly a rozdělovaly jinak. Arduinovo rozdělení je nesprávné, ale stále neformálně používané.
Devon je geologický útvar zhruba v půlce Paleozoika, název je odvozen od hrabství Devonshire v Anglii. Hranice spodního a středního devonu se datuje na 380 milionů let, do této doby měla za sebou planeta Země již více než 90 % svého vývoje. Souvrství vápenců, základní kámen dnešního Moravského krasu, se vytvářelo třicet milionů let. Nejmladší a chemicky nejčistší jsou vilémovické vápence, které jsou světlejší než lažánecké. Jejich kontakt lze pozorovat v jeskyni Ostrovské Vintoky v oblasti Říceného dómu. Vápenec tvoří schránky korálových útesů. (Speleoforum, 37/2018)
Vápence Moravského krasu pokračují dále k severovýchodu, východu a jihovýchodu v hloubce až několika kilometrů.
Tzv. starší čtvrtohory. V tomto období docházelo k periodickému ochlazování planety, která předcházela opakovaným dobám ledovým (glaciálům). Ty byly střídány kratšími dobami oteplení (interglaciály).
Během pleistocénu se odehrávaly změny v transportu sedimentárních výplní – nejstarší nálezy z jeskyně Kůlna byly objeveny ve vrstvách uložených v hloubce 8 m oproti dnešnímu stavu počvy (spodní část jeskyně, podloží).
Pleistocenu se kdysi říkalo diluvium ("potopa") a následné geologické epoše holocénu se říkalo aluvium ("náplava"). (Oliva, 2016)
V Krasu existují početné nálezy kosterních pozůstatků pleistocenní zvířeny – asi nejznámější je medvěd jeskynní, dále také lvi, hyeny, rosomáci. Viz Fauna moravská doby ledové.
Výskyt prvních lidí na Moravě už okolo jednoho milionu BP. Viz Historie osídlení Moravského krasu.
"Holocén .. však patrně není ničím jiným než další dobou meziledovou, která má dokonce svůj vrchol v období atlantiku už šest tisíc let za sebou a celkově již trvá déle než daleko teplejší eemský interglaciál. V blízké geologické budoucnosti by se tedy měly opět začít šířit severské i velehorské ledovce. Sledování vzájemné interakce tohoto astronomického procesu s daleko rychleji působícím antropogenním oteplováním planety zůstane však již našim generacím odepřeno."
(Oliva, 2016)